Dudok heeft in zijn loopbaan slechts een gering aantal winkelgebouwen ontworpen. Deze kwamen voornamelijk in de jaren vijftig en zestig tot stand in opdracht van projectontwikkelaar Johan Matser. Voor de opdrachten in de jaren zestig was het waarschijnlijk vooral Dudoks compagnon R.M.H. Magnée die verantwoordelijk was voor de uitwerking van de ontwerpen en bleef Dudoks inbreng tot een minimum beperkt, aldus Dudokkenner Herman van Bergeijk.
Het eerste winkelgebouw van Dudok als particulier architect was het warenhuis De Bijenkorf in Rotterdam op de kop van de Coolsingel uit 1930. Dudok won met zijn ontwerp de prijsvraag die het warenhuisconcern had uitgeschreven. Het grote glazen paleis, het modernste warenhuis van Europa op dat moment, gaf een stevig fundament aan de naam van Dudok als modern architect, een naam die definitief werd gevestigd met het gereedgekomen van het Raadhuis in Hilversum een jaar later (maar dat al in 1924 was ontworpen). Het warenhuis werd in 1956 afgebroken, nadat het eerst al ernstige oorlogsschade te verduren had gekregen. Het paste niet meer in de wederopbouwplannen voor het centrum van de havenstad.
Na de bouw van De Bijenkorf duurde het tot in de jaren vijftig voordat Dudok opnieuw winkelgebouwen tot stand kon brengen. In de jaren na de Tweede Wereldoorlog begon het proces van cityvorming en groots denken, mede door Amerikaanse invloeden die met de Marshall-hulp ons land bereikten. Een van de eerste projectontwikkelaars in Nederland was Johan Matser. In de jaren vijftig en zestig kocht hij in en om Hilversum voor eigen rekening en risico grond en liet deze bebouwen met woningen en winkelcentra. In samenwerking met het particuliere architectenbureau van Dudok kwamen winkelcentra tot stand in Hilversum (1959), Bussum (1957) en Diemen (1963).
In het centrum van Hilversum vind je aan de Kerkstraat het voormalig C&A-modemagazijn (1962), een karakteristiek ontwerp van Dudok. Het pand is thans herbestemd als boekhandel met café en studioruimte en appartementen op de bovenverdiepingen, waarbij diverse Dudokdetails goed bewaard zijn gebleven.